Nasceu na freguesia de Nossa Senhora do Desterro de Campo Grande, na Fazenda do Mendanha, atualmente Zona Oeste da cidade do Rio de Janeiro, filho dos lavradores João Freire Alemão e de Feliciana Angélica do Espírito Santo.
Graduou-se pela Academia Médico-Cirúrgica do Rio de Janeiro.
Cursava a Academia Médico-Cirúrgica do Rio de Janeiro, auxiliando seu irmão mais novo, Francisco Freire Allemão, a entrar em 1822 para a universidade e formar-se em medicina em 1827. Seu irmão, Francisco Freire Allemão, depois tornou-se Presidente da Sociedade de Medicina do Rio de Janeiro – 3° trimestre de 1832 e da Academia Imperial de Medicina de 1838 a 1839.
Eleito Membro Titular da Academia Nacional de Medicina em 1835 apresentando a memória intitulada “Trepanação com felizes resultados”. Sua cerimônia de posse ocorreu no mesmo dia de sua eleição.
Faleceu em 25 de março de 1875.