Nasceu em 25 de agosto de 1791, no Rio de Janeiro.
Membro Fundador da Sociedade de Medicina do Rio de Janeiro, eleito em 17 de junho de 1829. Foi considerado um dos Membros Natos em Sessão de 30 de junho de 1829, junto a Joaquim Candido Soares de Meirelles, Luiz Vicente De Simoni, José Francisco Xavier Sigaud, José Martins da Cruz Jobim, Jean Maurice Faivre, Jacintho Rodrigues Pereira Reis, José Maria Cambuci do Valle, Octaviano Maria da Rosa, Christovão José dos Santos, Antônio Martins Pinheiro, José Augusto Cezar de Menezes, Antonio Joaquim da Costa Sampaio, João Alvares Carneiro, Fidélis Martins Bastos, Antonio Américo D’Urzedo e José Marianno da Silva.
Em 1830 a Câmara dos Deputados solicitou um plano de reforma e organização das escolas médicas do Império a Academia Nacional de Medicina, sendo executado por vários membros da instituição e dentre eles o Joaquim José da Silva. O projeto ficou conhecido como “Plano de Organização das Escolas Médicas do Império” que foi inspirado no modelo francês.
Graduou-se pela Academia Médico-Cirúrgica em 1831, defendendo tese de doutoramento intitulada “Das Gastroenterites”. No mesmo ano foi nomeado lente substituto da cadeira de higiene desta instituição e em 1º de março de 1833 assumiu a cadeira de patologia interna para o 4º ano do curso médico, pela qual foi responsável até 1857. Dirigiu interinamente a Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro.
Juntamente com outros membros da Academia Nacional de Medicina integrou a Comissão Central de Saúde Pública criada em 1850 pelo Império frente a ameaça da febre amarela.
Atuou como Deputado Provincial da província do Rio de Janeiro.
Foi o primeiro a prescrever banhos de água do cozimento do pau-pereira, segundo relatos receitou à escrava de sua irmã que sofria de febres intermitentes.
Faleceu em 1º de outubro de 1857.